Terdapat tiga jalur lintas, di antaranya lintas utara, lintas tengah, dan lintas selatan. Lintas utara terdiri atas Stasiun Cilegon, Stasiun Jakarta Gudang, Stasiun Pasar Senen, Stasiun Cirebon Prujakan, Stasiun Pekalongan, dan Stasiun Semarang Tawang.
Lintas tengah meliputi Stasiun Cilegon, Stasiun Jakarta Gudang, Stasiun Pasar Senen, Stasiun Cirebon Prujakan, Stasiun Purwokerto, Stasiun Kroya, Stasiun Kutoarjo, Stasiun Lempuyangan, serta Stasiun Purwosari.
Terakhir, lintas selatan mencakup Stasiun Kiaracondong, Stasiun Tasikmalaya, Stasiun Sidareja, Stasiun Kroya, Stasiun Gombong, Stasiun Semarang Tawang, Stasiun Kutoarjo, Stasiun Lempuyangan, dan Stasiun Purwosari.***